‍‍ 本中心实行校、馆二级管理体制，设置实验中心主任和副主任，分别由刘毅教授和张国文博士担任。中心下设四个实验室，分别为文博应用技术实验室、田野考古实践教学实验室、科技考古实验室和公众考古实验室，以上四个实验室主任分别由刘尊志教授、袁胜文副教授、张国文博士（兼）、贾洪波副教授担任。‍‍