与各级各类博物馆（故宫博物院、南京博物院、国家海洋博物馆、中国革命军事博物馆、秦始皇陵博物馆、天津博物馆等）和各级考古研究所（河南、湖北、浙江、江西等省级考古所，以及大连、三门峡、杭州、景德镇等市级考古研究所）长期保持密切合作关系，合作方式包括联合考古发掘、合作研究、实习基地建设、联合培养专业硕士、跨行业项目申请等。
近五年来，中心与各级博物馆和考古研究所合作，组织了多次学生校外实践活动，主持了多个考古调查、发掘和资料整理工作，也参与了若干考古实践活动。
文博考古实验教学中心致力于加强国际合作，稳固那些已与我中心联系密切的海外高校及机构之间的合作关系，积极拓展新的合作空间，进一步强化校地合作、校际合作，拓展实践教学基地，促进校地、校际教学资源的共享，增强中心的示范与辐射作用。
南开大学天津博物馆实习基地挂牌仪式（2007年）
南开大学杭州历史博物馆实习基地挂牌仪式（2007年）
中心学生赴故宫博物院参观实习（2009年）