考古发掘是在考古调查的基础上进行的发掘。分为：因为盗墓、工程建设而进行的抢救性发掘，为解决某课题而进行的主动发掘。发掘通常采用开掘探沟或探方的方法，依据地层学原理，依照遗址中文化层的层次作井然有序的发掘，以正确判断遗存间的相对早晚关系。对于墓葬，则注意清理有无封土、葬具、尸骨和随葬品，近些年特别注意有无埋葬过程的遗迹现象。对房址，根据不同地区不同时期有不同的注意事项，主要则是注意清理房屋面向、柱洞、有无夯筑、灶台、周围有无散水以及能否根据屋内残迹推断出梁架结构等。窑址的发掘和房址近似。发掘中用照相、测绘、文字记录等各种方法记录文化层堆积情况和遗迹、遗物状况，并全面收集、登记出土物。发掘过程中要全面收集遗物，并记录遗迹现象，要能够根据记录和出土物恢复遗址和墓葬的原貌。对重要遗址有时还需要建立遗址博物馆以保存现场。

南开大学文博考古实验教学中心向来重视田野考古发掘实验教学，在经费并不宽裕的情况下仍然保证了实习经费的投入，尤其是与各级博物馆和考古研究所建立了良好的合作关系，随着大量考古实习基地的建设，中心的田野考古实验教学活动有了充足的保障，近五年来，中心组织了本科生进行了多次的田野考古实践活动，主持了多个考古发掘工作，如河南南阳市淅川县新四队墓地的考古发掘、湖北郧县龙门堂墓地的考古发掘等。另外，也参与了若干考古实践活动，例如江西吉州窑发掘等等。